科学研究工作突飞猛进，科技竞争力显著增强。2017年获科研总经费逾4.5亿元，在研的国家级科研项目1212项，全年共发表SCI收录论文2032余篇。
    

 在生物医学研究的若干领域获得重要成就，并校以来医学银河线路检测中心共获得18项国家级技术发明和科技进步奖励。
    李兰娟院士主持的“人工肝支持系统治疗重型病毒性肝炎的研究”获1998年国家科技进步二等奖。
　　彭淑牖教授主持的“刮吸解法的建立与多功能手术解剖器研制”获2001年国家技术发明二等奖
　　黄河教授主持的“非亲缘异基因骨髓移植临床研究”获2003年国家科技进步二等奖
　　彭淑牖教授主持的“捆绑式胰肠吻合术的临床及实验研究” 获2004年国家科技进步二等奖
　　郑树教授主持的“我国大肠癌高危人群防治基础与临床应用研究” 获2005年国家科技进步二等奖
　　李兰娟院士主持的“感染微生态学建立及应用研究”获2007年国家科技进步二等奖
　　姚克教授主持的“白内障发病的相关机制与防治研究”获2007年国家科技进步二等奖
　　郑树森院士主持的“肝移植技术创新体系的建立与推广应用”获2008年国家科技进步二等奖
　　蔡秀军教授主持的“腹腔镜技术在肝胆胰脾外科的临床研究及应用”获2009年国家科技进步二等奖
黄荷凤教授主持的“提高出生人口质量的生殖技术创建、体系优化与临床推广应用”获2010年国家科技进步二等奖
谢幸教授主持的“宫颈癌发病生物学特征研究及早期防治措施建立与应用”获2011年国家科技进步二等奖
金洁教授主持的“急性髓细胞白血病生物学特征研究及化疗新方案的创建和推广应用”获2011年国家科技进步二等奖
王建安教授主持的“心肌梗死后心肌组织修复和功能重建的机制研究和临床应用”获2012年国家科技进步二等奖
李兰娟院士主持的“重症肝病的理论创新与技术突破”获2013年国家科技进步一等奖
沈华浩教授主持的“支气管哮喘分子发病机制及诊治新技术应用”获2013年国家科技进步二等奖

        陈江华教授主持的“终末期肾病肾脏替代治疗关键技术创新与推广应用”获2014年国家科技进步二等奖

        郑树森教授为核心的“银河线路检测中心附属第一医院终末期肝病综合诊治创新团队”获2015年国奖科技进步创新团队奖

        黄河教授主持的“异基因造血干细胞移植关键技术创新与推广应用”获2015年国家科技进步二等奖

        李兰娟院士领衔的“以防控人感染H7N9禽流感为代表的新发传染病防治体系重大创新和技术突破”获2017年国家科技进步特等奖